Всего в заказнике произрастает более 1000 видов сосудистых растений, много мхов, лишайников и грибов. В первозданном виде сохранились леса на северных склонах Карцинского хребта, но большая часть лесов Черных гор (Лесистого и Пастбищного хребтов) пройдена рубками. Северные склоны этих хребтов покрыты лесами из бука восточного и граба кавказского, южные — заняты сообществами дуба и лещины. По днищам ущелий растут серо- и черноольшаники. Кустарниковые заросли представлены кизилом, шиповником, черникой кавказской и азалией (рододендроном желтым) а на верхнем пределе леса – рододендроном кавказским. На полянах, опушках и лугах встречаются заросли высокотравья — дудника, борщевика и ядовитого аконита высотой более двух метров. В широколиственных лесах встречаются рощи третичных реликтов – тиса ягодного, падуба колхидского, а также местообитания плюща колхидского.

У южного подножия Скалистого хребта произрастают реликтовые сухолюбивые сосняки. Среди зарослей можжевельника встречаются патриархи, например возле святилища

Мигдау-дзуар в окрестностях села Зинцар. На склонах и гребнях Скалистого хребта расположены субальпийские и альпийские луга, которые в начале лета покрыты белым ковром из цветущей ветреницы пучковатой. На известняках горы Кариухох растут примула осетинская, камнеломка колончатая, тис, ель восточная и другие виды, занесенные в Красные книги России и Северной Осетии.

Животный мир заказника – это смешение европейской и переднеазиатской фаун. Он представлен 5 видами рыб, 2 – амфибий, 5 – рептилий, 160 – птиц и 43 – млекопитающих. В небольших реках обитает ручьевая форель, заходят на нерест усач, голавль, пескарь. Из земноводных обычны древесная лягушка квакша и озерная лягушка, из пресмыкающихся – обыкновенный уж и веретеница

В широколиственных лесах обычны черный дрозд, полуошейниковая мухоловка и зарянка, а также гнездятся редкие птицы: филин, черный аист и стервятник, а в высокогорьях оседло живут обычные для заказника эндемичные – кавказские улар и тетерев, занесенные в Красные книги России и РСО-Алания.

Из млекопитающих характерны: кабан, благородный олень, реакклиматизированный в соседнем охотхозяйстве и расселившийся на территорию заказника, косуля, серна, лисица, лесная и каменная куницы, ласка, медведь, дикая лесная кошка, заяц-русак, лесная соня. В заказнике расселились алтайский подвид обыкновенной белки и американская норка, а в последние десятилетия XX в. вселился и стал обычным шакал.

Кавказский подвид зубра в 20-е годы XX в. был полностью уничтожен, поэтому в 1964-68 гг. в заказнике реакклиматизированы 47 голов беловежско-кавказских зубров, и к 1991 г. их было уже более 200. Однако в результате последовавших многоснежных зим 1990-93 гг. и браконьерства численность зверей снизилась до 45голов. В 2010 году завезли еще 10 зубров и в настоящее время их численность превышает 100 особей. Такая численность и плотность 3-4 особи на 1000 га являются оптимальными для заказника.

Из достопримечательных природных объектов отметим: пещеры – Суадагскую, Уосманлагат, Агомскую; карстовые воронки на Карцинском хребте; обвальные глыбы у подножия Скалистого хребта; каменные шары в окрестностях с. Тагардон; древний завал между селами Зинцар и Унал; ныряющие в подземные карстовые полости ручьи в урочище Шуби; минеральные источники – Бирагзанский скважинный и Суадагский сероводородный; водопады – Суадагский, Цахцадыкомский; Суаргомское озеро, образованное оползнем; священные рощи – сосновая в с. Дагом, ильмовая в селе Гули, березовая в Карцинском ущелье – и деревья – липа Уацилла на горе Ганах.

На территории заказника имеются и интересные историко-культурные объекты: древние катакомбные могильники, Дзивгисский пещерный комплекс, грот Шаулагат со с находкой предметов каменного века, склепы, святилища и башни, в том числе стоящие на огромных глыбах (села Донисар, Инджинта). Сохранились следы традиционного природопользования: земледельческие террасы, старая ирригационная сеть на поляне Фашкау, своеобразные постройки «овечьего городка» на южных склонах горы Кариухох, одичавшие и современные сады.

В заказнике устраиваются солонцы и подкормочные площадки для копытных.

Сохранить этот неповторимый и в то же время уязвимый биокомплекс становится все труднее из-за увеличивающегося антропогенного пресса – в том числе и близости 22 населенных пунктов. Тем не менее, госинспекторы заказника прилагают все для сохранения этой ценной особо охраняемой территории с многообразной природой.

Согласно «Положению о заказнике» в нем запрещена или ограничена любая деятельность, причиняющая вред природной среде: охота, рыболовство, пастьба скота, сбор коллекций и пр. Необходимо соблюдать осторожность с огнем, особенно весной и осенью на субальпийских лугах.