Одной из главных функций ФГБУ «Северо-Осетинский государственный природный заповедник» является охрана его территории. Согласно Федеральному закону «Об особо охраняемых природных территориях» охрана природных комплексов и объектов осуществляется государственной инспекцией состоящей из 40 сотрудников. Рядовыми инспекторами, которыми руководят старшие госинспектора во главе с заместителем директора по охране И.Д. Гуриевым.

Государственные инспектора по охране территории заповедника пользуются всеми правами должностных лиц государственной лесной охраны и других специально уполномоченных государственных органов РФ в области охраны окружающей природной среды. Руководством заповедника разработан план заповедно-режимных мероприятий, который является основой деятельности инспекторской службы. Охрана осуществляется методом парного патрулирования, двух или нескольких обходов одновременно, согласно графику. Госинспектора ведут дневники первичных научных наблюдений (за состоянием погоды, встреч животных и их поведением, сезонным развитием природы), которые затем вносятся в ежегодный том Летописи природы.

В заповеднике создана и успешно работают оперативная группа. Охрана территории мобильной опергруппой, не привязанной к конкретной местности, дает максимальный природоохранный эффект по сравнению с другими методами контроля за режимом заповедника.

Помимо борьбы с браконьерством, большое внимание уделяется противопожарной охране. В целях оперативной борьбы с пожарами, в заповеднике создана пожарная дружина. Разработаны и приняты меры по охране лесов от пожаров, созданы противопожарные тропы. Систематически проводятся обучение госинспекторов методам борьбы с пожарами. В заповеднике ежегодно разрабатывается и утверждается План противопожарных мероприятий и Организационно-мобилизационный план тушения лесных пожаров, которые согласовываются с Главой администрации местного самоуправления Алагирского района

Научный отдел ведет свою работу согласно Планам НИР на 2020-2023 гг., а также руководствуясь Методическим руководством по ведению Летописи природы и разделу 8 «Научно-исследовательская деятельность» Положения о Северо-Осетинском государственном природном заповеднике, и раздела о НИР в государственных заповедниках (1998 г.) утвержденного МПР России. В разработке НИР находится 6 тем.

Количество продолжающихся многолетних рядов наблюдений (более 10 лет исследований) — 5 (орнитологический, териологический, метеорологический, рекреационный, флористический). Накапливаются данные к рядам наблюдений по энтомологии и гидрологии.

Основной целью НИР в течение года являются — полевые работы — исследования и сбор материалов для томов «Летописи природы». Согласно программе по ведению «Летописи природы» во время полевых работ собирается научный и коллекционный материал.

С момента организации заповедника на его территории начались стационарные исследования. Основное внимание на первом этапе уделялось изучению закономерностей

сезонного развития растительности лесного пояса, инвентаризации фауны птиц и изучению экологии массовых видов пернатых, а также сбору материала по экологии и поведению фонового вида крупных млекопитающих – дагестанского тура. Регулярные ботанические исследования были начаты экспедицией кафедры геоботаники биологического факультета МГУ в 1975–77 годах и продолжены с появлением в научном отделе штатных ботаников. Ими были проведены инвентаризационные флористические, геоботанические, экологические исследования фитофенологические наблюдения.

Одновременно с изучением флоры и растительности предпринято детальное изучение географии и экологии ценных и реликтовых древесно-кустарниковых видов (тиса ягодного, ели восточной, пихты кавказской, плюща колхидского, падуба колхидского), черники обыкновенной, диких сородичей культурных растений. Поднимались проблемы одичания некоторых культурных насаждений (в частности, садов в Касарском и Цейском ущельях, урочище Шуби) и изучение интродуцентов. В начале 80-х годов изучались ценопопуляции редких видов растений, в частности, колокольчиков ардонского и холодолюбивого.

На субальпийских и альпийских лугах Цейского и Цмиакомского ущелий ботаники заповедника в разные годы, заложили ряд постоянных пробных площадей (ППП) для геоботанических и флористических исследований. Позднее для изучения питания реаклиматизированных кавказско-беловежских зубров в заказнике «Цейском», ППП были заложены на Карцинском хребте.

Зоологические исследования являются неотъемлемой частью изучения природного комплекса заповедника и проводятся по нескольким, связанным между собой, темам. При этом важно, что объектами изучения являются не какие-либо отдельные представители или систематические группы, а животный мир в целом и его значение в биогеоценозах заповедника. Большое внимание уделяется видам, имеющим или могущим иметь в перспективе народнохозяйственное и охотничье-промысловое значение, таким как дагестанский тур, кавказский улар. Особое значение уделяется редким и мало изученным видам, ведь их успешная охрана невозможна без глубокого знания биологии, а стационарное исследование этих видов практически осуществимо только в естественной, ненарушенной природной среде, в условиях строгой охраны, то есть в заповедниках и заказниках. Северо-Осетинский заповедник – одно из немногих мест в России, где проводятся постоянные наблюдения за гнездованием бородача – одной из редчайших хищных птиц не только нашей, но и мировой фауны.

В содружестве с учеными противочумного института Северного Кавказа и Закавказья и Якутского филиала РАН изучались эктопаразиты птиц и млекопитающих. Большое внимание уделялось зоологами изучению видов Красных книг России и Северной Осетии: зубру, остроухой ночнице, малому и большому подковоносам, бородачу, кавказскому тетереву. Не остались без внимания фоновые и кавказские подвиды птиц – обыкновенная оляпка, зеленушка, обыкновенная и большая чечевицы, зяблик, обыкновенная пищуха.

После передачи заповеднику федерального заказника «Цейский», расположенного в поясе широколиственных лесов, были проведены работы по изучению экологии копытных заказника, в частности зубра, и их влияния на растительность, опыты по привлечению птиц в искусственные гнездовья. Научные интересы зоологов распространились на всю территорию Северной Осетии, что стало возможным с привлечением их к разработке региональных программ республики «Кадастра животного мира РСО-А» и «Красной книги РСО-А». Изучаются разные группы наземных насекомых по всему высотному профилю республики: от Моздокских степей до субальпийских лугов Водораздельного хребта; зимовки водоплавающих и околоводных птиц, фауна отдельных отрядов птиц и рукокрылые.

Эколого-просветительская деятельность — одно из основных направлений в работе заповедников и национальных парков, поскольку эти особо охраняемые природные территории являются не только природоохранными и научно-исследовательскими, но и эколого-просветительскими учреждениями.

С сентября 1997 года в Северо-Осетинском государственном природном заповеднике функционирует отдел экологического просвещения.